امام صدر در شهر قم و در خانواده‌ای زاده شد که اصل و ریشه آن به جنوب لبنان بازمی‌گشت. و پس از آنکه این خانواده در دنیای عرب و جهان اسلام به جایگاه ویژه‌ای رسید و مردان اندیشه و عمل از آن سربرآوردند، امام به جنوب لبنان بازگشت. این مردانِ اندیشه و عملِ خاندان صدر از جنوب لبنان که مهد علم و معرفت و جهاد و دفاع از حقیقت و عدالت است، به خاستگاه علوم دین، نجف اشرف در عراق، عزیمت کردند؛ شهری که یکی از مراکز برجسته دانش و جهاد و مبارزه در سراسر بلاد عربی و اسلامی به شمار می‌رود و در روند مبارزه با ظلم و استعمار انگلستان در اوایل قرن بیستم و در نهضت سال 1920 میلادی (1299 شمسی) نقش و تأثیر چشمگیری داشت. در ادامه، این خاندان به شهر قم رفتند که نماد حضور ایمان در نهضت‌های ایران و خاستگاه انقلاب‌ها و خیزش‌های متعدد قرن گذشته بر ضد استعمار و نظام فاسد شاهنشاهی به شمار می‌رود.
این خیزش‌ها با نهضت مشروطه در 1905 میلادی (1284 شمسی) آغاز شد و با نهضت ملی شدن نفت در سال 1953 میلادی (1332 شمسی) و قیام ژوئن 1963 میلادی (15 خرداد 1342) ادامه یافت و، در نهایت، به پیروزی انقلاب اسلامی به رهبری امام خمینی در سال 1979 میلادی (1357 شمسی) منتهی شد.
در تمامی این رویدادها، خاندان امام صدر نقش و تأثیر اساسی داشتند. این سرچشمه‌های جوشان نیز، به نوبه خود موقعیت مناسب برای رشد شخصیت امام صدر و شکل‌گیری روح توحید و ایمانِ آمیخته با انواع تجربیات علمی و افق‌های گسترده جهاد و آزادی‌خواهی را در وجود ایشان فراهم آورد.
امام سیّد موسی صدر، فرزند سیّد صدرالدین، فرزند سیّد اسماعیل، فرزند سیّد صدرالدین، فرزند سیّد صالح شرف‌الدین از اهالی جبل‌عامل در جنوب لبنان است و نسبت این سلسله به امام موسی بن جعفر، امام هفتم شیعیان اثنی عشری، می‌رسد.
جدّ دوم امام صدر، یعنی سیّد صالح شرف‌الدین، در سال 1710 میلادی، در قریه شحور از توابع صور دیده به جهان گشود و در آنجا روزگار گذراند. وی که از علمای جلیل‌القدر بود، در نزدیکی روستای معرکه مزرعه کوچکی به نام شدغیث داشت که فرزندش صدرالدین در آنجا متولد شد.
سیّد صالح در ماجرای تعرض جزّار به علمای شیعه جبل‌عامل ستم بسیار دید و سربازان جزّار فرزند 21 ساله‌اش، هبة‌الدین، را در حضور پدر و در مقابل خانه او به قتل رساندند و سیّد صالح را دستگیر و به شهر عکا اعزام کردند. وی که در آنجا به اعدام محکوم شده بود، پس از نُه ماه اسارت در بازداشتگاه عکا توانست به عراق بگریزد و در کنار مرقد امام علی(ع) در نجف اشرف اقامت گزیند. برادر سیّد صالح که محمد نام داشت، به دنبال او عازم عراق شد و همسر و دو فرزند وی به نام‌های صدرالدین (شش ساله) و محمدعلی (چهارساله) را با خود به نزد او برد.
بدین‌ترتیب، سیّد صدرالدین، جدّ اعلای امام صدر در عراق ساکن شد و تحت نظر پدر رشد کرد و فقه را در نجف اشرف آموخت. وی هفده سال بیشتر نداشت که به درجه اجتهاد رسید و در همین روزگار جوانی یکی از علمای بزرگ عراق شد. او با دختر مجتهد بزرگ، شیخ کاشف‌الغطاء، ازدواج کرد و، سپس، عازم اصفهان شد. سیّد صدرالدین پنج فرزند